Joseph Pilates fue un niño enfermizo, lo que le llevó a estudiar el cuerpo humano y la manera de fortalecerlo mediante el ejercicio. De esta manera, con el tiempo llegó a ser un gran atleta.

Fue en Inglaterra donde comenzaría a desarrollar su método al ser internado durante la Primera Guerra Mundial, debido a su nacionalidad alemana, en un campo de concentración.

Trabajando como enfermero, desarrolló una metodología para mejorar el estado de salud de otros internos mediante el ejercicio. Para los más débiles y enfermos montó sobre las camas un sistema de poleas y cuerdas para ejercitar los músculos, lo cual fue el origen de algunas de las las máquinas que se utilizan hoy en día (reformer, trapecio, silla y barril).

Con el tiempo desarrollaría un gran número de ejercicios para ser realizados en ellas, así como otros para ser practicados simplemente en el suelo, sobre una colchoneta.

En 1923 se trasladó a Estados Unidos y montó en Manhattan, junto a su esposa Clara, un estudio para enseñar su método. Pronto se hizo popular entre coreógrafos y bailarines, cuyas lesiones derivadas del entrenamiento intensivo les obligaban a pasar largos periodos de recuperación e inactividad.

Tras su muerte en 1967, su esposa Clara se hizo cargo del estudio hasta su fallecimiento diez años después, aunque durante todo ese tiempo fue dirigido por una de las alumnas de Joseph, Romana Kryzanowska.

Pilates no formó expresamente profesores de su método, pero varios alumnos abrieron centros para enseñar su práctica y dos de los primeros, Lolita San Miguel y Kathy Grant fueron oficialmente certificados por él, bajo los auspicios de la Universidad de Nueva York, para enseñarlo.

Junto con Ron Fletcher, que fundó un estudio en Beverly Hills en 1970 que sería el origen del reconocimiento del método entre los actores de Hollywood, y la psicoanalista Mary Bowen, que abrió su estudio en 1975, son denominados “los mayores” (the elder), por la organización a la que pertenecen, la Pilates Method Alliance. El término hace referencia a aquellos que estudiaron directamente con Pilates. También son consideradas elders, aunque no pertenezcan a esta organización, Romana Kryzanowska y Mary Pilates, sobrina de Joseph Pilates.

Es importante destacar que algunos puntos originales que se podrían considerar básicos de la metodología han sido modificados. Por ejemplo, en los ejercicios en los que se apoya la espalda en el suelo, Pilates afirmaba que aquella debía estar plana, en total contacto con el suelo, mientras que hoy en día se considera que lo apropiado es respetar su curvatura natural, la lordosis lumbar. También ha variado la posición de codos y rodillas, que él recomendaba estirar completamente hasta bloquearlas, cosa que actualmente no se hace.

No obstante lo anterior, la filosofía esencial del método es cada vez más influyente en todo tipo de deportes y entrenamientos y son muchos los deportistas, bailarines o entrenadores que incorporan sus principios a sus entrenamientos aunque no sigan estrictamente el método.

De hecho, Pilates afirmaba que estos principios debían incorporarse a toda nuestra actividad diaria hasta que acabaran convirtiéndose en algo natural e inconsciente.

Uno de los problemas surgidos con la expansión del pilates es la necesidad de encontrar buenos profesores que puedan certificar su conocimiento del método.

Así, han surgido diversas asociaciones de ámbito internacional para proteger la correcta transmisión de lo que consideran el método Pilates original y preservar sus principios, como la Pilates Method Alliance.